부모를 잃은 4마리의 거북이들과 늙은 쥐 한 마리가 하수구로 흘러들어온 방사능 물질로 인해 사람의 형태와 지능을 갖게된다. 순진하고 재치있는 레오나르도, 미켈란젤로, 도나텔로, 라파엘로로 구성된 4마리의 거북이들은 하수구에 숨어 살며 뉴욕시의 평화를 위해 고군분투한다. 한편 뉴욕에서 벌어지는 소리 없는 범죄를 보도하는 기자 에이프릴은 이 범죄의 피해자가 될 뻔 하였지만 닌자거북이들의 도움으로 위기를 탈출한다. 그들이 사람처럼 변한 이유와 그동안 하수구에 숨어 살아온 이야기를 나누며 에이프릴과 닌자거북이들은 급속도로 가까운 친구사이가 된다. 한편 그녀를 주시하던 소리 없는 범죄 조직 더풋은 그녀의 아파트로 총공격을 개시하는데…