현실에 질린 노비타는 마법사가 되는 것을 꿈꾸게 되는데, 당연히 불가능한 일이지만 만약의 상자의 힘으로 마법 세계를 실현한다. 그러나 마법세계도 마법이 과학을 대신할 뿐 기존 세계와 별 다를 것은 없어서 현실에서 공부와 운동을 못해서 놀림거리였던 노비타는 마법 세계에서도 마법을 제대로 못 써서 놀림 거리가 된다. 그러던 중, 마법 세계에 무서운 적들이 쳐들어온다.