수만년동안 태평양에 잠들어있던 고질라가 핵폭탄 실험으로 인해 깨어나 선박들을 납치한다. 이어 고질라는 도쿄까지 상륙하지만, 핵실험의 영향으로 괴력을 갖게 된 고질라에게는 어떤 최첨단 무기도 통하지 않는다. 도시는 고질라가 내뿜는 방사능와 불길에 휩싸여 초토화되지만, 손쓸 방법이 없어 많은 희생자들이 발생한다. 이 고질라를 쓰러뜨릴 에너지인 오키시젠 디스트로이어를 개발한 과학자 세이자와 다이스케는 그 방법을 알리길 거부하고, 희생자는 점점 늘어만 가는데...