열여덟 번째 생일을 맞이한 잭은 선물로 태어나기도 전에 사라진 아빠가 남긴 콩을 받게 된다. 별 뜻 없이 대성당 뜰에 던져버린 콩은 하루 만에 굵고 커다란 나무로 자라 하늘위로 높게 치솟는다. 잭은 나무줄기에 엮여 하늘로 올라가게 되고, ‘구름 위의 나라’라고 불리는 낯선 곳에 떨어지게 된다. 잭은 그곳에서 18년 전 사라진 아빠를 만나게 되고, 함께 돌아갈 방법을 모색하던 중 여왕 세레나를 만나게 된다. 하지만 지구에 불만이 있던 그녀의 복수 계획을 알고 도망친다. 집으로 돌아가기 위한, 악으로부터 지상 세계를 지켜내기 위한 그들의 방어전투가 시작되는데...