어릴적 사라진 부모 대신 삼촌 내외와 살고 있는 피터 파커는 평범한 학교 생활을 하며 일상을 보내고, 같은 학교 학생 그웬 스테이시와 첫사랑에 빠져 우정과 사랑, 그리고 둘 만의 비밀을 키워나간다. 어느 날 아버지가 사용했던 가방을 발견하고 부모님의 실종사건에 대한 의심을 품게 된 그는 숨겨져 왔던 과거의 비밀을 추적하게 된다. 아버지의 옛 동료 코너스 박사의 실험실을 찾아가게 된 피터는 우연한 사고로 특별한 능력을 갖게 되고, 피터의 도움으로 연구를 완성한 코너스 박사는 자신의 숨겨진 자아인 악당 리자드를 탄생시키는데...