전작으로부터 6년후의 세계. 서드라 불리던 인간에 가까운 안드로이드 아미테이지는 로스와의 사이에 요코라는 딸을 두고, 이름까지 바꾼채 화성에서 살고 있었다. 그러던 어느날 반물질 플랜트에서 안드로이드의 반란이 일어나 이를 무력으로 진압하던 스트링스가 인간지상주의자로서 영웅으로 부각된다. 그러나 이 사건의 이면에 숨겨진 음모를 밝히기 위해 아미테이지는 홀로 지구를 향하는데...