빅토르 기엘과의 결전으로부터 1년 후, 1년간의 해외 연수를 마치고 일본으로 돌아온 히카루를 기다리고 있던 것은 사쿠야와 토모야에 의해 재생된 마나를 맞이한 신생 UPG였다. 하지만 평화로운 시간은 오래가지 못하고, 시즈쿠가 언덕 상공에 갑자기 수수께끼의 시공성이 나타나고, 그곳에서 '모든 울트라 전사를 봉인하겠다'고 호언장담하는 초시공 마신 에타르가와 여전사 아레나가 등장한다. 깅가와 빅토리, 그리고 UPG는 에타르가와 아레나에 맞서 싸우지만, 양자의 압도적인 힘 앞에 고전을 면치 못한다. 그 와중에 다른 우주에서 온 청년 무사시 하루노와 울트라맨 제로가 등장한다. 제로가 에타루가를 쓰러뜨리기 위해 히카루와 쇼에게 특별한 훈련을 시키고, UPG도 봉인된 울트라 전사들을 해방시키기 위해 무사시와 함께 시공간 성으로 뛰어든다.