"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.