메이쿠몬의 폭주와 리부트. 타이치와 선택받은 아이들은 괴로워하는 메이코를 두고 디지털 월드로 향한다. 그러나 그 곳에서 다시 만난 짝꿍 디지몬들은 아이들을 기억해내지 못하고 선택받은 아이들은 다시 한 번 그들과 친해지려 노력한다. 그러나 자신보다 남을 먼저 생각하는 소라의 상냥한 성격을 보고 더 경계하는 피요몬에 상심하는 소라를 위로할 말을 찾지 못한 타이치(태일)와 야마토(매튜). 괴로워 하는 이들 앞에 갑자기 슬퍼하는 메이쿠몬이 나타난다. 어째선지 원래의 기억을 가지고 있는 메이쿠몬은 메이코를 찾기까지 하는데.. 그 모습을 보고 아이들은 메이쿠몬을 구하기 위해 디지털 세계를 여행할 것을 결심한다. 그리고 그들 앞에 어둠의 사천왕을 거느리는 그 남자가 모습을 나타낸다. 한편, 현실 세계의 니시지마는 히메카와의 실종소식을 듣게 되고 그 배후를 조사하다가 히메카와의 목적이 숨겨져 있음을 파악한다. 두 사람의 운명을 결정 지은 과거의 사건과 연관되어 있었는데… 지금, 다시 모험이 진화한다.