자신이 세상에서 가장 무서운 해적이라 믿는 꼬마 ‘샤키’는 나침반과 선원을 구하기 위해 홈포트섬으로 향한다. 한편, 우연히 ‘샤키’의 장난으로 쫓기는 신세가 된 ‘마이키’와 가출 소녀 ‘보니’가 험난한 여정에 합류하게 되고, 딸 ‘보니’가 해적에게 납치되었다고 오해한 해군 제독과 포상금을 노리는 무자비한 해적들이 ‘샤키’와 친구들을 뒤쫓기 시작하는데…!​ 과연, 꼬마 ‘샤키’는 친구들을 무사히 지키고 진정한 선장이 될 수 있을까?