“오사카 아저씨 4인방 악당 ‘닌자 오야지스’로부터 도쿄타워를 사수해라!” 특명을 받고 ‘닌자 오야지스’를 찾기 위해 나선 4명의 ‘JK닌자걸즈’ 여고생과 히든 히어로, 은밀한 이중 생활을 감행하며 악당들을 찾아 나서지만, 점점 더 난항에 빠지게 되고… 우리의 ‘JK닌자걸즈’는 과연 도쿄타워를 지킬 수 있을까!