토마스 앤더슨은 자신의 현실이 물리적 구성개념인지 아니면 정신적 구성개념인지 알아내기 위해 이번에도 흰 토끼를 따라가야 한다. 토마스, 아니 네오가 배운 게 있다면 비록 환상이라 할지라도 선택이야말로 매트릭스를 탈출할 유일한 길이라는 것이다. 물론 네오는 무엇을 해야 할지 이미 알고 있다. 그가 아직 모르는 사실은 이 새로운 버전의 매트릭스가 그 어느 때보다도 강력하고, 확고부동하고, 위험하다는 것이다. 평범한 일상과 그 이면에 놓여 있는 또 다른 세계, 두 개의 현실이 존재하는 세상에서 운명처럼 인류를 위해 다시 깨어난 구원자 네오. 빨간 약과 파란 약 중 어떤 것을 선택할 것인가?