어느 날 갑자기 하늘에서 떨어진 기억을 잃은 소녀 앨리스. 자신에 대한 기억은 없지만, 검은 신사의 이름 ‘디모’만은 알고 있었다. 그녀가 떨어진 천장 아래에는 피아노 음색을 통해 자라나는 나무가 있었다. 앨리스는 디모 그리고 다정한 탑의 주민들 봉제인형 미라이, 호두까기 인형, 향기 주머니까지 모두의 도움을 받아, 원래 세계로 돌아가기 위한 악보를 찾기 시작한다. 그리고 그곳에서 만난 가면을 쓴 소녀. 음악을 통해 앨리스의 과거와 현재의 비밀이 밝혀진다.