베가 연합군의 지구공격 사령관 블랙키와 간달의 활동을 못마땅해 한 베가 대왕은 친위대장 바렌도스를 지구에 내려 보낸다. 그의 목적은 그렌다이저를 꺾는 것. 바렌도스는 앞뒤 가리지 않고 출격한 카부토 코우지를 사로잡아 그레이트 마징가의 숨겨진 위치를 찾으려 한다. 한편 코우지가 유괴된 사실을 안 듀크 프리드는 그렌다이저를 출동시킨다. 하지만 그에 맞서는 상대는 다름 아닌 그레이트 마징가. 바렌도스가 조종하는 그레이트 마징가와 원반수의 협공으로 그렌다이저는 궁지에 몰리는데….