서기 2000년 남극대륙에서 진행된 실험은 인류에게 궤멸적 타격을 줬다. 이 재앙을 사람들은 세컨드 임팩트라고 불렀다.지구의 지축은 뒤틀리고 세계 인구는 격감했다. 그로부터 15년 뒤 인류는 다시 시련의 시기를 맞는다. "사도"라고 불리는 수수께끼의 거대 물체의 출현, 그 사도에 대항하기 위해 암약하는, 특무 기관 네르프. 그 싸움의 중심이 된 것은 14세 소년 이카리 신지. 그는 불안, 불신, 두려움, 분노, 그리고 끝없는 싸움 후에 고독과 절망을 알게 된다.