지구에 불시착한 오토봇과 디셉티콘은 둘론 나뉘어진 사이버트론 무리와 마주한다. 이 두 집단은 그들의 갈등으로 인해 의도치 않게 생겨난 미래의 라이벌들. 이렇게 《비스트 워스: 트랜스포머(Beast Wars: Transformers)》 시리즈의 주인공과 악당들이 《워 포 사이버트론》에 처음으로 모습을 드러내게 된다. 오토봇은 사라진 올스파크를 되찾기 위해 맥시멀과 팀을 이룬다. 그리고 프레데콘과 손을 잡은 디셉티콘에 맞선다. 그러나 황금 디스크를 가지고 있는 프레데콘. 만약 메가트론과 사연이 있는 이 미스터리의 유물이 그의 손에 넘어간다면 큰일이다. 옵티머스 프라임이 이 싸움에서 불리해진다! 사이버트론의 미래가 걸린 최후의 전투. 과연 어느 쪽이 승리를 거둘 것인가?