세이카 시에 있는 성 폴리아 학원 중등부 2학년에 재학 중인 하네오카 메이미는 평범한 소녀. 그러나 그 정체는 밤에는 세이카 시를 흔들어 놓는 괴도 세인트테일로 활약하고 있다. 그리고 그런 그녀를 끈질기게 추적하는 것은 같은 반의 소년 아스카 주니어. 낮에는 교실에서 티격태격하는 클래스 메이트로 밤에는 서로 쫓고 쫓기는 관계를 이어가던 도중 두 사람은 서로 미묘한 감정을 느끼게 되는데...