2007년, 기초과학에 이상 현상이 생기며 세상이 공포에 휩싸인다. 나노과학자 왕먀오는 스창 경찰관에 의해 합동작전 센터로 끌려가 '과학의 경계’라는 단체에 잠입해 조사를 돕게 되고, 이 과정에서 ‘ETO’라는 조직을 접한다. ETO와 작전센터는 서로 끊임없이 접전하고, 왕먀오와 스창은 점차 '삼체' 게임 속 세계가 실재함을 확신하게 된다. 모든 사건의 발단은 두 문명이 생존 공간을 위해 사활을 걸고 싸운 데서 비롯되었음을 알게 된 왕먀오, 스창 등은 앞으로 침략을 앞둔 삼체인들과의 결사 항전을 준비한다.