거대국가 브리타니아 제국에 점령된 일본. ‘일본’이라는 이름을 말하는 것조차 금지된 그곳은 ‘AREA 11’이라는 이름으로 불리고 있었고, AREA 11의 주민들은 ‘일레븐’이라 불리며 제국이 임명한 통치관의 의해 통치를 받게 되었다. 막강한 군사력을 바탕으로 세계 각지에 AREA를 만들어가는 제국의 힘의 근원은 ‘나이트메어 플레임’이라 불리는 인간형 병기였다. 영원히 밝을 것처럼만 보였던 제국의 미래… 그러나 그 균열은 AREA 11의 한 소년으로부터 시작된다. 브리타니아인들을 위한 학교인 애슈포드 학원에 다니는 소년 를르슈는, 신주쿠 게토를 지나다 테러리스트와 브리타니아군 간의 싸움에 휘말려 든다. 우연히 브리타니아군에 소속되어 있던 옛친구 쿠루루기 스자쿠와 재회하게 되지만, 군대가 회수하려던 정체를 알 수 없는 소녀로 인해, 소녀와 를르슈를 지키려던 스자쿠가 총에 맞아 쓰러진다. 오열하는 를르슈에게 소녀는 ‘기어스’라는 능력을 부여해 준다. 자신의 목적을 달성하기 위해서라면 어떤 방법도 가리지 않는 를르슈. ‘기어스’의 힘을 손에 넣게 된 를르슈는 동생 나나리와 함께 자신의 이상을 위해 그 힘을 행사하려고 한다. 한편 정의를 지키며 자신의 길을 걸어가려 하는 쿠루루기 스자쿠는 브리타니아군의 병기 랜슬롯의 파일럿으로서 를르슈와 대립할 수밖에 없다.