어둠의 세력으로 인해 은하계 전체가 전쟁에 휩싸이고 제다이 기사단 역시 평화를 회복하기 위해 전투에 나선다. 그러나 점점 더 많은 행성들이 다크 사이드 포스의 손아귀에 빠져든다. 은하계의 미래가 달려있는 임무를 맡게 된 '아나킨’과 그의 제자 '아소카'. 둘은 은하계 범죄단의 수괴 '자바 더 헛'의 아들이 납치 당하자 그 아들을 구출하기 위해 떠난다. 한편, ‘오비완’과 ‘요다’는 클론군대를 이끌고 다크 사이드 포스 진영에 맞서 먼 훗날 전설로 기억될 클론전쟁을 시작하는데…