고등학교 입학을 계기로 홀로서기를 시작한 주인공 나츠메 토모하루는 그냥 봐서는 무엇 하나 특별할 것 없는 평범한 고교생이었다. 다른 사람들과 다른 것은 그저 단 한 가지, 소꿉친구였던 소녀 미나카미 미사오가 유령이 되어 그에게 들러붙어 있다는 것뿐. 예전에 형이 살았던 낡은 집으로 이사를 한 첫날에 토모하루는 생전 처음보는 검은 옷을 입은 여성의 방문을 받게 된다. 그의 형으로부터 부탁받았다며 은색 트렁크를 건네받은 그 순간부터, 토모하루가 미처 알지 못했던 이 세계의 숨겨진 진실이 그를 미스터리의 소용돌이로 끌어들인다. 세상이 파멸하는 날까지 719일. 토모하루는 세상의 파멸을 막기 위해 악마와 맞서 싸워야만 하는데...