모든 물질의 근원인 원자조차도 초월한 감정, 재능, 기억 등 형태가 없는 모든 것을 관리하는 개념 '로직'이라는 존재를 깨달은 인류. 그들 중 백만 명 중에 한명 나타난다는 '로지컬리스트'는 다른 세계의 로직을 이해하고 행사할 수 있다. 츠루기 요시치카는 2년 전의 사건을 계기로 이 힘을 잃어버리고 평범한 생활을 보내고 있었다. 그런데 어느 날, 요시치카 앞에 나타난 아테나는 그가 잃어버린 힘을 가지고 와 자신과 함께 싸우자며 설득하는데...