‘요괴 퇴지’란, 본래 있어야 할 ‘은세(카쿠리요)’에서 어떤 사정으로 ‘현세(우츠시요)’에 머무는 요괴들을 카쿠리요로 돌려보내는 것이다. 고등학교에 갓 입학한 아시야 하나에는 지금까지 요괴나 유령의 존재를 전혀 믿지 않았다. 그러나 일주일 전, 갑자기 나타난 요괴에게 홀리는 경험을 하고, 마지못해 요괴의 존재를 믿게 된다. 나날이 몸 상태는 나빠지고 어떻게든 하지 않으면 안되겠다고 생각한 찰나 우연히 요괴 퇴치 가게의 전단지를 발견하고, ‘모노노케안’을 찾는다. 그곳에서 불쾌해 보이는 주인 아베노 하루이츠키를 만나게 되고, 모노노케안에 고용되어 아르바이트를 하게 된다. 아베와 아시야 요괴 퇴치 콤비와 요괴들의 이야기가 막을 연다.