2035년, 일본에서 ‘버스트’로 알려진 사고가 터진다. 연구 프로젝트에서 발생한 이 비극으로 말미암아 ‘매터’라는 통제 불능의 인공 생물이 구로베 협곡 전체에 퍼졌다. 한때 인류의 희망이라고 추켜세워졌던 연구 도시마저 끝내 폐쇄되고 만다. 2년 후, 버스트로 가족을 잃은 다치바나 아이코는 전학생 간자키 유야로부터 자신의 몸속에 엄청난 비밀이 숨어 있음을 알게 된다. 그 퍼즐의 답은 버스트의 중심이었던 ‘1차 지점’에 있다. 아이코는 이 제한 구역에 침투할 결심을 한다. 아이코를 그곳으로 인도하는 몫은 유야가, 호위는 다이버 팀이 맡는다. 소년이 소녀를 만나고 이들 손에 인류의 운명이 달려 있을 때, 어떤 새로운 진실이 드러나게 될까?