먼 우주의 광산 콜로니인 이지스7에서 마커라는 유물로 추정되는 인공적인 구조물이 발견된다. 유니톨로지 교단은 이를 지구로 가져오기 위해 행성 파괴선인 이시무라호를 파견한다. 그러나 유물을 발굴한 이후 콜로니에서 자살과 살인등의 범죄가 늘어난다. 이시무라호의 수석 보안 책임자인 알리사는 유물의 운반에 대하여 반대하지만 마티어스 선장은 그 의견을 묵살한다. 예정대로 행성의 표피를 뜯어내고 지구로 향하면서 콜로니와의 연락이 끊어진다. 하지만 콜로니에서 출발한 셔틀이 이시무라호에 들어오면서 무엇인가가 같이 들어오게 된다.