모험심 많은 12살 소년 ‘나노’는 할아버지가 나쁜 악당 교수에게 속아 ‘고봇’이라는 수상한 약을 먹고 그에게 조종 당한다는 사실을 알게 된다. 할아버지를 구하기 위해 ‘닥터 X’를 찾아간 ‘나노’, 그의 기술로 몸이 작아진 ‘나노’는 여자친구 ‘릴리’와 캡슐을 타고 할아버지의 몸속으로 들어가게 된다. 과연, 할아버지의 몸에선 어떤 일들이 벌어지고 있을까? 초미니 히어로 ‘나노’의 몸속 대탐험이 시작된다!